Este algoritmo tiene una implementación creada por la NCBI con licencia de dominio público, para que cada cual se lo pueda instalar y utilizar el algoritmo con sus propias bases de datos.

Hemos tenido la oportunidad de probarlo para un proyecto que estamos llevando entre manos, no sin algunos problemas de instalación. Por eso este artículo recogerá el proceso de instalación a seguir.

Los pasos de instalación se pueden resumir en:

1. Descargar la última versión de la aplicación del FTP
2. Configurar Apache 2 correctamente para que sirva los CGIs
3. Formatear la base de datos que utilizaremos
4. Adaptar BLAST a nuestras necesidades

Descargar la última versión de la aplicación del FTP

A través de la web del NCBI encontramos el FTP de donde están las versiones disponibles de BLAST. Para nuestro propósito necesitamos la última versión (LATEST), actualmente la 2.2.18.

Dentro de la carpeta vemos que hay principalmente 3 versiones, y además su versión específica para cada tipo de plataforma. Las que vamos a necesitar para nuestra instalación son las blast y wwwblast. El paquete blast puede ser instalado mediante apt-get install blast2, así que sólo bajaremos el paquete wwwblast-2.2.18-ia32-linux.tar.gz.

Una vez conseguida vamos a descomprimir el paquete a la carpeta /var/www/blast/ por ejemplo. He elegido esta porqué seguramente me tocará pasarlo a una Apache 1.3 del entorno de producción y la mayoría de trozos de scripts me serán compatibles. En caso contrario, seria más recomendable un path del tipo /usr/local/apache2/webapp/blast/.

tar xzvpf wwwblast-2.2.18-ia32-linux.tar.gz
mv blast /var/www/

Configurar Apache 2 correctamente para que sirva los CGIs

La configuración de Apache ha sido uno de los quebraderos de cabeza que hemos tenido. En principio tenia que ser de lo más fácil, pero a la hora de la verdad no ha sido así, aunque no totalmente por culpa del Apache.

En Ubuntu, como en la mayoría de distribuciones, la configuración de Apache 2 se encuentra dentro de la carpeta /etc/apache2/.

Lo primero que vamos a hacer es configurar el ServerName de Apache. Por defecto no viene configurado, por lo que al reiniciar el servidor da unos molestos warnigs:

apache2: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.0.1 for ServerName

Así que editaremos el fichero /etc/apache2/httpd.conf (que presumiblemente está vacío) y añadiremos la siguiente línea:

ServerName localhost

Ahora empieza estrictamente la instalación de BLAST. Si damos un vistazo a la carpeta que hemos descomprimido anteriormente veremos que dentro existen tanto ficheros CGI como código HTML, imágenes… Esto nos afecta en que no podemos crear un ScriptAlias en Apache, porqué entonces intentará ejecutar todos los ficheros como CGI, sea del tipo que sea, dando errores del tipo:

[error] [client ::1] (8)Exec format error: exec of '/var/www/blast/blast.html' failed
[error] [client ::1] Premature end of script headers: blast.html

Para solventar este problema cambiaremos de orientación, vamos a configurar el servidor para que trate los ficheros con extensión cgi comos scripts cgi. Editamos el fichero /etc/apache2/mods_available/mime.conf y descomentamos la siguiente línea:

AddHandler cgi-script .cgi

Aprovechamos para dar un vistazo a los comentarios de arriba donde se explica el funcionamiento del AddHandler. Nos informa que con esta directiva activada será posible ejecutar cgi’s des de cualquier directorio que tenga ExecCGI en las opciones del directorio.

Así que perfecto, ya tenemos preparado el servidor para que ejecute los cgi’s, sólo hace falta configurar el VirtualHost. Editaremos el fichero /etc/apache2/sites_available/blast y lo llenaremos con la siguiente información:

<VirtualHost *>
Alias /blast/ /var/www/blast/
<Directory "/var/www/blast/">
AllowOverride None
Options ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
</VirtualHost *>

Revisar sobre todo el Allow from all, a lo mejor en otro caso necesitáis restringir la ejecución solamente des de localhost.

Por último con el apache sólo quedaría crear un softlink para que Apache active este VirtualHost y reiniciar Apache:

ln -s /etc/apache2/sites_available/blast /etc/apache2/sites_enabled/001-blast
/etc/init.d/apache2 restart

Y volià, el BLAST preparado para funcionar en http://localhost/blast/blast.html…. Seguro? Pues no, porqué la página HTML funciona, pero a la que le demos a buscar nos saldrá un error:

[error] [client 127.0.0.1] (2)No such file or directory: exec of '/var/www/blast/blast.cgi' failed
[error] [client 127.0.0.1] Premature end of script headers: blast.cgi

Efectivamente, al ver el código fuente del fichero blast.cgi veremos un bonito #!/bin/csh -f, es decir, indica que la ejecución del script se realice mediante la shell csh. Cual es el problema? Que en Ubuntu no viene instalada por defecto esta shell, por eso nos dice el No such file or directory. así que deberemos instalarla a mano:

apt-get install csh

Otro problema con el que nos podemos encontrar es que no genere las imágenes temporales del análisis BLAST. Este problema está provocado porque Apache no tiene permisos para escribir en la carpeta de temporales de BLAST. Para solucionarlo sólo tenemos que darle dichos permisos:

chmod 777 /var/www/blast/TmpGifs

Ahora si que todo debería funcionar a la perfección.

Formatear la base de datos que utilizaremos

Para cargar nuestra propia base de datos tenemos que seguir unos cuantos pasos también:

1. Copiar dentro de la carpeta /var/www/blast/db/ la base de datos que queramos utilizar.
2. Utilizar el comando formatdb (que hemos instalado antes con el apt-get install blast2) para darle formato. Para nuestra base de datos el comando en concreto ha sido:
   formatdb -t inter -i inter -p T
3. Modificar el fichero blast.rc para indicar el método de blast con el que se puede utilizar esta base de datos. En nuestro caso blastp inter

El último paso es editar el fichero blast.html para modificar el desplegable de arriba del todo (DATALIB) y que muestre la nueva librería para que pueda ser seleccionada.

Adaptar BLAST a nuestras necesidades

Por último, y ya de forma opcional, podemos editar según nuestras necesidades el fichero blast.html, para quitar opciones, añadir, cambiar el diseño… ahí la gracia del software libre

via Barrapunto, tutorial pas a pas, útil en futur:

Manual

Això si, després de que fes crash no vaig tenir aquell sentiment que se’m creava quan petava la Gentoo… Un sentiment d’haver passat molta estona en algú, de coneixer-te íntimament quasi fins a l’últim raconet quelcom :,(

Pro això si, reinstalar en hora i mitja és mooooolt pràctic ]]> http://lotomas.net/2005/11/19/maldita-actualitzacio-d%e2%80%99ubuntu-i-van-2/feed/ 0 http://lotomas.net/2005/08/04/anjuta-glade/ http://lotomas.net/2005/08/04/anjuta-glade/#comments Thu, 04 Aug 2005 11:12:55 +0000 Tomàs Reverter http://lotomas.net/2005/08/04/anjuta-glade/

Després de dos dies amb problemes per compilar, aquí unes quantes coses ràpides per recordar (rudulíííí):

Si dóna problemes amb intl o gettext:

Al fer el primer ./autogen.sh ja dona problemes amb el directori ./intl, que son els fitxers de configuració d’idioma. Això és per alguna cosa de gettext-devel, ubuntu (que el porta integrat al gettext) i anjuta (ho he posat tot per si algú busca al google xD). Total, que no hi ha els fitxers que s’espera. Per posar els fitxers necessaris s’ha d’executar l’script ./setup-gettext de la carpeta font del projecte d’anjuta. Després ja es pot tornar a executar el ./autogen.sh

Si no troba els fitxers d’include de gnome (gnome.h)i glade (glade/glade.h):

• Anjuta -> Paràmetres -> Configuració del compilador i l’enllaçador -> Camins a biblioteques -> afegir “/usr/include/libgnomeui-2.0/gnome.h”
• Anjuta -> Paràmetres -> Configuració del compilador i l’enllaçador -> Biblioteques -> afegir “gnomeui”
• Tornar a muntar-ho tot, i en principi ja hauria d’anar

Manual en castellà d’Anjuta i Libglade -> http://www.killall-9.net/doc/

CAGÜENTOLOOOOQUESEMENEAA!!!

Actualització: Al final era problema de paquets que necessita però que no son imprescindibles, i per tant, no són dependències. Tota la llista completa de requeriments es pot trobar a http://www.anjuta.org/anjuta.php?page=downloads Com a resum:

• gdl
• devhelp
• libopts
• guile
• autogen
• graphviz
• subversion
• glade
• pcre
• glademm
• gtkmm
• gnomemm
• libglade
• sdl
• cvs

I després de tot això (i les corresponents -devel que hi havia de totes) sembla que comença a funcionar bé. Però això si, al crear el projecte només em funciona bé si faig C, si faig C/C++ no em compila perquè busca el fitxer main.pp ?¿? ni ideia xD

Procedent des de la web de Yonkis…

Això si, després de que fes crash no vaig tenir aquell sentiment que se’m creava quan petava la Gentoo… Un sentiment d’haver passat molta estona en algú, de coneixer-te íntimament quasi fins a l’últim raconet quelcom :,(

Pro això si, reinstalar en hora i mitja és mooooolt pràctic

Bé, finalment m’he decidit a provar la Ubuntu Després del fracàs d’aquest estiu per provar Debian (ja que no la vaig poder instal·lar pq se’m penjava) he tingut més sort amb l’Ubuntu.

Instalar Ubuntu en un Dell Inspiron 8100
Solució: Utilitzar l’opció d’instalació nolapic

Després d’uns quants problemilles amb els drivers (propietaris nvidia) i la tarja gràfica tot molt millor, només falta configurar el wireless, que no me’n surto

Pro bé, ara tik amb instalant les aplicacions per DAII. El que no m’ha molat es que ni J2SDK, ni JBoss ni Eclipse estan als repositoris

Algú ha conseguit instal·lar-ho tot?¿ (Marble… ) Jo m’he quedat al primer pas, intentant instal·lar el J2EE “All-In-One Bundle” de 110MB. Al descargar, modificar el permís d’execució i es queda atrapat. He trobat una solució aquí, que bàsicament és:

• Creem un directori temporal i l’extraem amb unzip:

  $ unzip j2eesdk-1_4_2004Q4-beta-linux.bin

• Assignem permisos a la carpeta dels fitxers JRE
  

  $ chmod -R 755 package/jre

• Invoquem directament l’instalador JVM amb aquesta comanda:
  

  package/jre/bin/java -Xmx256m -cp .:package/PackageFormat.jar appserv

Bé, en principi tot això ha de funcionar, però continua donant un error. Tornaré a baixar el fitxer de 100 MB, a veure si s’ha baixat malament, pro ho veig negre

Actualització: No ha estat per bo, sinó per pesat, però ja està instalat seguint el métode anterior, però usant -Xmx386m L’eclipse ja funciona, Jboss-IDE tb i només falta instalar JBoss.

Doncs si, finalment he aconseguit una cosa que feia molt de temps que volia fer, configurar el modem (un Lucent Winmodem) i l’acces a Internet a traves d’aquest.

Explicare breument els passos seguits per a que un company amb el mateix portatil pugui fer el mateix.

1. Instalar un paquet a la Gentoo sense estar connectat directament a Internet.
   Aquest es un problema casi obvi a causa d’una instalacio no prevista, o sigui, des de casa i amb la descarrega de fitxers necessaris a traves de Windows.

   La solucio es ben senzilla. Primer de tot s’han de descarregar els fitxers que vulguem instalar. Per a lo del modem en necessitarem com a minim 2:

   • ltmodem-8.26a9.tar.gz (per al kernel 2.4, sino se n’ha d’agafar un que es diu ltmodem-2.6-alk-v00.tar.gz).

   • ppp-2.4.1-pppoe4.tgz

   Una vegada els tenim al disc dur (a algun lloc on podrem accedir des de la Gentoo) ja podem arrencar amb Gentoo, i copiar aquestos fitxers descarregats a la carpeta /usr/portage/distfiles:

   • # cp fitxer /usr/portage/distfiles

   Finalment, per realitzar la instalacio d’aquestos paquets no fa falta dir-li a l’emerge que els vagi a buscar al directori local i no a internet, ja que per defecte ja va a buscar a /usr/portage/distfiles:

   • # emerge ltmodem

   • # emerge ppp

   Fet aixo ja tindrem els 2 paquets instalats i podrem procedir a la instalacio.

2. Configuracio de la connexio.
   Doncs res, per als parametres de connexio senzillament he seguit la recepta que hi ha a frikis.org, Conectar a internet con modem. Com ja tenia el nucli compilat per a la connexio per modem aquesta part no l’he tingut que fer, directament he anat a la configuracio del pppd.

   Per configurar el sistema i poder utilitzar les DNS dinamiques que ens donen alguns servidors (com ara Ya.com) procedirem de la seguent forma:

   • Anem al fitxer /etc/ppp/options i escrivim en una linia “usepeerdns”, amb la qual cosa indiquem al pppd que les DNS les ha d’aconseguir de la negociacio amb el servidor. Quan el pppd aconsegueix les DNS el que fa es passar a l’scripts /etc/ppp/ip-up (que s’executa cada cop s’aconsegueix la connexio amb un servidor) dues variables anomenades $DNS1 i $DNS2, i a traves de les quals podem utilitzar les dades. A part tambe crea un fitxer anomenat /etc/ppp/resolv.conf, un fitxer resolv.conf adequat per a la conexio a aquestes DNS. Ara ja nomes queda fer que el sistema vegi les DNS correctament, a traves del /etc/resolv.conf. Els metodes son varis, pero jo he elegit aquest:
     1. Fer una copia de seguretat del fitxet /etc/resolv.conf (per supost).

        # cp /etc/resolv.conf /etc/resolv.conf.save

     2. Editar el fitxer /etc/ppp/ip-ip i introduir el seguent scripts:
        

        cat /etc/ppp/resolv.conf >> /etc/resolv.conf

     3. Editar el fitxer /etc/ppp/ip-down i introduir el seguent script:
        

        head /etc/resolv.conf –lines=-2 >> /tmp/tempres
        cat /tmp/tempres > /etc/resolv.conf
        rm -f /tmp/tempres

   Algu te una millor alternativa??

   I tot seguit les comandes de connexio:

   Connectar-se:

   # pppd

   Per veure la ip:

   # ifconfig ppp0

   Per veure el log de la connexio:

   # tail -f /var/log/messages

3. Links d’ajuda
   • Instalacio d’una Debian en un Inspiron 8100

   • Instalacio d’una RedHat 7.3 en un Inspiron 8100
   • Instalacio d’una RedHat 7.3 en un Inspiron 8100 (FAQ)
   • Web del driver LTmodem per GNU/Linux
   • HOWTO de frikis.org
   • Directori amb els fitxers de la distribucio Gentoo

I com a consell del sensei jBilbo, ens recomana utilitzar el wvdial, de configuracio molt mes senzilla. Doncs s’haura de provar, pq el pppd anda q no li has de dir coses xDD Moltes gracies per les correccions tb